Az FC Petrzalka együttesét Pozsonyi Torna Egyesület néven alapították 1898-ban.
Jelenleg egy - mindössze - 1500 nézőt befogadni képes stadionban játssza hazai mérkőzéseit.
Meglehet, névváltozás tekintetében Guiness-rekordot tart a klub, hiszen eddig összesen 16-szor nevezték át a csapatot. Sokan FC Artmediaként is ismerhetik az egyesületet, ezen a néven tizenhat évig játszott a pozsonyi csapat.

Történelme során kétszer is megnyerte a szlovák bajnokságot a Petrzalka együttese, először 2005-ben, majd 2008-ban. A pozsonyi csapat legnagyobb sikerét 2006-ban érte el, amikor bejutott a Bajnokok Ligája csoportkörébe: az Inter, a Porto és a Rangers mellett óriási bravúrt elérve csoportharmadik lett, így az UEFA-kupa 32-es mezőnyébe is bekerült, igaz, ott elveszítette az oda-visszavágós párharcot a Levszki Szófia ellen. A csapat tagja volt akkoriban a Győri ETO jelenlegi játékosa, Lubos Kamenár is, azonban az akkori tréner csak második számú kapusként számított rá.

A szlovák kupában kétszer győztek a pozsonyiak, 2004-ben és 2008-ban, sőt, 2005-ben a szlovák szuperkupát is elhódították.

A klub egyik legismertebb játékosa Saláta Kornél volt, aki magyar felmenőkkel rendelkezik. Összesen 49 bajnoki mérkőzésen lépett pályára a Petrzalkában és ezeken az összecsapásokon - védő létére - 9 gólt szerzett. A szlovák válogatottban 24-szer játszott, ott volt a 2010-es dél-afrikai világbajnokságon is.